O projeto para a construção da Ferrovia Litorânea pode ter mais uma proposta , além das três já sob análise do Dnit. O principal empecilho está na área indígena do Morro dos Cavalos. O Dnit tem analisado três alternativas, uma margeando a rodovia, passando pelo Morro dos Cavalos, outra com túnel também pelo Morro dos Cavalos e uma terceira, que sairia completamente da área da Funai, avaliada em R$ 16 bilhões, com 55 km de túneis. A estas três opções, pode somar-se uma quarta onde a ferrovia se uniria à região Oeste e seguiria para Itajaí.